non, tu peux faire tous tes stages la première année ou la deuxième peu importe. Mais, il faut garder à l'esprit que la 2ème année est bien plus courte que la 1ere et que les dossiers professionnels doivent être envoyés à la correction vers mars (avant ou après selon les bts).
Je te conseille d'appeler le responsable pédagogique de ton bts au cned pour l'informer un peu de ta situation : difficulté ou incapacité de faire ton stage. Pour la première année tu as jusqu'à septembre. Pour la 2ème, disons jusqu'à la date limite d'envoi de ton dossier (penser aux délais de correction etc...)
Bon courage